"Vi må være litt strengere på steder der smittekjeder spres for det meste, som er partier og dessverre også reiser," sa kanslerens stabssjef, Helge Braun, til kringkaster ARD.
"Vi er i begynnelsen av en ny bølge, og bare politikernes og befolkningens besluttsomhet vil avgjøre om vi kan unngå det, eller senke det," la han til.
Tyskland hadde klart å holde antallet nye infeksjoner og dødsfall lavere enn mange av naboene, men det daglige antallet nye tilfeller har hoppet over 4,000 siden torsdag, det høyeste siden april.
Søndagens telling var under det, men det er fordi testrapportene pleier å være lavere i helgene.
Merkel og ordførere fra Tysklands 11 største byer ble fredag 9. oktober enige om å vedta strengere tiltak hvis infeksjoner overstiger en terskel på 50 tilfeller per 100,000 XNUMX innbyggere på en uke.
Mer enn 20 byer er nå over det nivået, noe som har forårsaket et lappeteppe av interne reisebegrensninger.
Braun, en lege, sa at testsentre burde prioritere helsearbeidere og personer som viser symptomer fremfor turister.
Ferierende kan omgå de lokale ferdekantene hvis de gir negative testresultater.
Bayerns statsminister Markus Soeder foreslo i helgen brattere bøter for folk som ikke hadde på seg masker der de var pålagt steder som offentlig transport og butikker på € 250 ($ 295.60) sammenlignet med dagens € 50 og € 500 for gjentatte lovbrytere.
Braun sa at han var enig i tøffe straffer.
Merkel vil føre videre samtaler med statspremiere onsdag.