Johnson har satt en frist for EU-toppmøtet 15. oktober for avtale om en avtale, og EU søker noen flere innrømmelser før de går inn i den endelige fasen av forhandlingene.
"(Johnson) bekreftet Storbritannias forpliktelse til å utforske alle veier for å komme til enighet," sa Johnsons Downing Street-kontor i en opplesning av samtalen.
"Statsministeren la vekt på at det må gjøres fremgang de neste dagene for å bygge bro over de betydelige hullene, særlig innen fiskeriområdet og like vilkår, gjennom prosessen med intensive samtaler mellom de viktigste forhandlerne."
De to viktigste forhandlerne, EUs Michel Barnier og Storbritannias David Frost, sier at de stikker seg mot en avtale før fristen 15. oktober, selv om de har understreket at det fortsatt er viktige hull.
Johnson sa til Macron at Storbritannia ønsket en avtale, men ikke til noen pris.
"Han understreket at en avtale var bedre for begge sider, men også at Storbritannia var forberedt på å avslutte overgangsperioden på Australia-stil vilkår hvis en avtale ikke ble funnet," sa Johnsons kontor.